徐建军教授主要从事的研究领域为海气相互作用，ENSO，气候变化与海洋生态以及中尺度数值模拟与卫星，雷达资料同化。在过去26年的工作时间里，在科研教学上取得丰硕成果的同时，在实际气象业务系统的研发工作中，通过多年努力，全面掌握并能精通运用国际上先进的卫星资料同化系统以及区域模式预报系统。
徐建军教授先后在国内外发表论文140余篇，其中SCI或SCIE文章70余篇，还担任了多个国际著名刊物（Journal of Climate，Climate Dynamics，Monthly Weather Review，Geophysical Research Letter，Journal of Geophysical Research，et al.)的论文评审人和一些科学杂志的编委。其团队这几年负责或者参与国家重点研发专项“重大自然监测预警与防范” 10个课题，还主持科学院先导专项子课题，总经费达3000万。
广东海洋大学深圳研究院海洋气象团队成员共28 人，其中海外引进的领军人才1人，教授1 人，副教授1 人，中级4 人，初级2人，助教3人，博士生5名，硕士生11名，本科2人，主要核心研究人员6人中，博士学位比例达100%，平均年龄39岁，涵盖了数值天气预报、资料同化、海气相互作用、台风预报等多个研究方向。团队核心成员和主要参与人员在资料同化和台风预报都有很深的造诣，同时又有精通计算机系统的核心成员。既有资深的专家指导团队研究，组织技术攻关，又有年富力强的青年俊才的加盟。研究团队将以广东海洋大学深圳研究院为基地配合广东海洋大学高水平重点学科-海洋科学的建设需求，以海洋-大气-环境-生态-遥感-气候变化多学科交叉研究为切合点，为海洋科学研究提供支撑，力争取得世界一流的研究成果。
